Students

PhD students

• Emma Rodriguez (2025/…), PhD supervised by Christine Gaspin, MIAT, INRAE Toulouse and Julio Saez Vasquez, Université de Perpignan. I am participating to the supervision of Emma’s PhD with Benjamin Charlier, MIAT, INRAE Toulouse. This PhD is funded by PEPR AgroÉcologie et Numérique. Développement et mise en oeuvre d’approches d’apprentissage pour l’étude des modifications de l’ARN en lien avec l’adaptation au changement climatique chez Arabidopsis thaliana.

• Élise Jorge (2023/…), PhD co-supervised with Sylvain Foissac, GenPhySE, INRAE Toulouse and Pierre Neuvial, CNRS & Institut de Mathématiques de Toulouse. This PhD is funded by INRAE. Analyse comparative de données de génomique 3D.

• Tania Malonga (2022/…), PhD co-supervised with Martin Beaumont, GenPhySE, INRAE Toulouse (Tania is hosted at GenPhySE). This PhD is funded by the ANR project MetaboWean. Analyse de données de transcriptome à l’échelle de cellules uniques pour étudier la maturation postnatale de l’intestin.

Former PhD students

• Camille Guilmineau (2022/2025), PhD co-supervised with Rémi Servien, LBE, INRAE Narbonne and Marie Tremblay-Franco (Camille was hosted at LBE). This PhD was funded by the ANR project PANORAMICS.
  Thesis defended on September 18th, 2025 on Développements de modèles statistiques pour l’analyse et l’intégration de données omiques longitudinales, application aux photogranules.

• Aurélie Mercadié (2022/2025), PhD co-supervised with Céline Brouard, MIAT, INRAE Toulouse. This PhD was funded by the CIFRE program in partnership with Pierre Fabre Dermo-Cosmétique.
  Thesis defended on May 14th, 2025 on Développement d’une approche d’intégration de données multi-omiques pour expériences multi-groupes. thesis

• Nathanaël Randriamihamison (2018/2021), PhD co-supervised with Marie Chavent, Inria, Université de Bordeaux, Pierre Neuvial, CNRS & Institut de Mathématiques de Toulouse and Sylvain Foissac, GenPhySE, INRA Toulouse. This PhD was funded by MathNum division of INRAE through the INRAE/Inria call.
  Thesis defended on October 27th, 2021 on Classification Ascendante Hiérarchique sous Contrainte de Contiguïté pour l’Analyse de Données Hi-C. thesis

• Gaëlle Lefort (2018/2021), PhD co-supervised with Rémi Servien, LBE, INRAE Narbonne, Laurence Liaubet, GenPhySE, INRAE Toulouse and Hélène Quesnel, PEGASE, INRAE Rennes. This PhD was funded by #DigitAg (50%) and by MathNum, SA and GA divisions of INRAE.
  Thesis defended on July 2nd, 2021 on Quantification automatique de métabolites dans un spectre RMN et application à la description de la maturité périnatale chez le porc. thesis

• Alyssa Imbert (2015/2018), PhD co-supervised with Nathalie Viguerie, I2MC, INSERM, Toulouse. This PhD was funded by Methodomics and Région Midi Pyrénées
  Thesis defended on October 19th, 2018 on Intégration de données complexes et hétérogènes à partir de tableaux de tailles différentes. thesis

• Jérôme Mariette (2013/2017), PhD co-supervised with Christine Gaspin, Unité MIA-T, INRA de Toulouse. This PhD was made possible by the support of the MIA department, INRA.
  Thesis defended on December, 15th 2017 on Apprentissage statistique pour l’intégration de données omiques. thesis

• Valérie Sautron (2013/2016), PhD co-supervised with Pierre Mormède and Elena Terenina, LGC, INRA de Toulouse. This PhD was funded by the ANR, project SusOStress, and Région Midi Pyrénées.
  Thesis defended on October, 27th 2016 on Biologie intégrative des réponses au stress et robustesse chez le porc. thesis

Interns

• Vincent Spinelli (élève ingénieur ENSAT, spécialité « biologie computationnelle appliquée aux biotechnologies ») : Analyse comparative de modèles d’association génétique pour l’intégration de données omiques dans un contexte multi-populations (co-supervised with Andrea Rau, GABI, INRAE Jouy-en-Josas)

• Emma Rodriguez ( Master 2 « Bioinformatique », Université de Toulouse) : Analyse et traitement des données de séquençage ARN direct produites par la technologie Nanopore pour l’étude du transcriptome (co-supervised with Christine Gaspin and Benjamin Charlier, MIAT, INRAE Toulouse)

• Roman Dupraz-Bardou (1ère année à l’ENSAE Paris) : Analyse comparative de données de génomique 3D (co-supervised with Élise Jorge, GenPhySE, INRAE Toulouse)

• Annabelle Bru ( Master 2 « Bioinformatique », Université de Toulouse) : Comparison d’outils pour l’analyse de modifications d’ARN non codant à partir de données nanopore « ARN direct » (co-supervised with Christine Gaspin, MIAT, INRAE Toulouse)

• Gwendaëlle Cardenas ( Master 2 « Bioinformatique », Université de Rennes) : Développement du package treediff et analyse différentielle de données Hi-C (co-supervised with Sylvain Foissac, GenPhySE, INRAE Toulouse)

• Joséphine Martin (Master 2 « Mathématiques et Applications, parcours Research and Innovation », Université de Toulouse) : Kernel methods for exploratory analysis (co-supervised with Marie-Laure Martin, IPS2 & MIA Paris)

• Léa Grima (Master 1 « Génie Mathématique et Modélisation », INSA, Toulouse) : Network inference on Bacillus subtilis expression data (co-supervised with Céline Brouard, Simon de Givry, Élise Maigné, MIAT, INRAE Toulouse and with Anne Goelzer, MaIAGE, INRAE Jouys-en-Josas)

• Guilhem Huau (Montpellier SupAgro (3rd year) : Réseaux de neurones pour graphe pour la prédiction de phénotypes (co-supervised with Céline Brouard, MIAT, INRAE Toulouse)

• Annaleah Johanny (Master 1 MApI3, Université Paul Sabatier, Toulouse) : Intégration de données omiques multi-niveaux pour expliquer l’efficacité alimentaire chez les agneaux (co-supervised with Jérôme Mariette, MIAT, INRAE Toulouse)

• Mallory Cals (Master 2 MApI3, Université Paul Sabatier, Toulouse) : Intégration de données omiques pour l’étude de l’impact des contaminants alimentaires sur le métabolisme et le développement de cancers (co-supervised with Sébastien Déjean, IMT, Université Paul Sabatier and David Rengel, IPBS, Toulouse, CNRS)

• Fanny Mathevet (Master 1 « Génie Mathématique et Modélisation », INSA, Toulouse) : Étude des effets de polluants alimentaires sur les cellules (co-supervised with Gaëlle Lefort, MIAT, INRA de Toulouse)

• Camille Guilmineau (Master 2 « Ingénieurie de la décision et big data », Université Catholique de l’Ouest, Angers) : Analyse de données métabolomiques pour résoudre un problème de bien-être animal (co-supervised with Rémi Servien, InTheRes, INRA de Toulouse, Gaëlle Lefort, MIAT, INRA de Toulouse and Laurence Liaubet, GenPhySE, INRA de Toulouse)

• Yousra Khattali (Master 2 Recherche Opérationelle, Université Paul Sabatier, Toulouse) : Sélection de variables dans les données climatiques pour les modèles agro-écologiques (co-supervised with Rémi Servien, InTheRes, INRA de Toulouse, and Victor Picheny, MIAT, INRA de Toulouse)

• Nathanaël Randriamihamison (Master 1 MApI3, Université Paul Sabatier, Toulouse) : Classification hiérarchique sous contrainte de contiguïté pour l’analyse de données Hi-C (co-supervised with Pierre Neuvial, CNRS and Institut de Mathématiques de Toulouse)

• Thibaut Guignard (Master 2 Data science pour la biologie), AgroCampus Ouest: Analyse statistique d’une protéine impliquée dans les problèmes d’obésité en relation avec l’expression des gènes (co-supervised with Nathalie Viguerie, I2MC, INSERM Toulouse and Alyssa Imbert, MIAT, INRA Toulouse)

• Wenting Zhang (Master 2 Economics and Mathematics, Toulouse School of Economics): Analysis of the variation of milk progesterone concentrations in dairy cows (co-supervised with Rémi Servien, Toxalim, INRA de Toulouse, Sylvie Chastant et Claire Saby, École Nationale Vétérinaire de Toulouse)

• Camille Champion (Master 1 MApI3, Université Paul Sabatier, Toulouse): Analyse de données métabolomiques (co-supervised with Magali San Cristobal & Laurence Liaubet, LGC, INRA de Toulouse)

• Caroline Ydier (Master 2 Ingénieurie mathématiques, Université de Nantes): Étude de la réponse au lipopolysaccharide chez le porcelet (co-supervised with Laurence Liaubet and Valérie Sautron)

• Rolande C.B. Kpekou Tossou (Master 2 Statistics and Econometrics, Toulouse School of Economics): Analyse par simulation de l’interaction climat / rendement (co-supervised with Victor Picheny)

• Maria Paula Caldas (Master 1 Economics and Statistics, Toulouse School of Economics): DiOGenes Clinical Data Analysis (co-supervised with Nathalie Viguerie, I2MC, INSERM Toulouse)

• Gaëlle Lefort (4ème année ENSAI): Analyse et normalisation de données biopuces (co-supervised with Nathalie Viguerie, I2MC, INSERM Toulouse)
• Sayma Besbes (Master 1 Economics and Statistics, Toulouse School of Economics): Normalisation et analyse de données RNASeq

• Florian Brunet (Master 2 Statistics and Econometrics, Toulouse School of Economics): Intégration de données pour la classification non supervisée de données biologiques (co-supervised with Christine Cierco-Ayrolles)

• Laura Bendhaiba (5th year Polytech’Lille, Génie Informatique et Statistique): Création d’un package R pour des cartes auto-organisatrices (co-supervised with Madalina Olteanu)

• Arthur Gomez (2nd year DUT STID, Université de Perpignan Via Domitia): Étude de la cinétique des réponses au stress chez le cochon (co-supervised with Elena Terenina, LGC, INRA de Toulouse)

• Soraya Popic (3rd year student, Licence Statistique et Informatique Décisionnelle, Université Paul Sabatier, Toulouse) : Analyse statistique de résultats de simulations issus de la plateforme SocLab (co-supervised with Christophe Sibertin-Blanc)
  This internship was part of the project SocLab-Stat funded by the Maison des Sciences de l’Homme de Toulouse (MSH-T)

• Nicolas Edwards (2nd year DUT STID, Université de Perpignan Via Domitia) : Analyse de données transcriptomiques par réseaux de co-expression génique (co-supervised with Magali San Cristobal, LGC, INRA de Toulouse) - finalist (one of four) for the prize of the best internship report STID France 2013

• Reda Semlal (2nd year ENSEEIHT, equivalent to Master 1, Ingénieur Informatique & Réseaux) : Implémentation d’une plateforme d’analyse d’algorithmes de recherche d’information (co-supervised Taoufiq Dkaki, IRIT, Université Toulouse 2)
  This internship was part of the project Comparaison de grands graphes et visualisation d’évolution funded by FREMIT

• Thomas Palmer (1st year DUT STID, Université de Perpignan Via Domitia) : Modélisation de l’occupation du sol par réseau de neurones (co-supervised with Martin Paegelow, GEODE, Université Toulouse 2)

• Nicolas Paris (1st year DUT STID, Université de Perpignan Via Domitia) : Création et alimentation d’une base de données en recherche d’information (co-supervised with Taoufiq Dkaki, IRIT, Université Toulouse 2)

• Adrien Gamot (Master 2 Économétrie & Statistique, Toulouse School of Economics) : Analyse de grands réseaux biologiques : construction et structure (co-supervised with Magali San Cristobal, LGC, INRA de Toulouse)

• Xavier Noguera (3rd year student, Licence professionnelle bioinformatique, Dpt STID, Université de Perpignan Via Domitia) : Développement de programmes R pour la représentation de graphes avec le logiciel libre Tulip

• Houcine Zaghdoudi (Master 1 ISMAG, Université Toulouse 2) : Apprentissage pour la prédiction d’orages (co-supervised with Anne-Ruiz Gazen, Toulouse School of Economics)
  This internship was part of the project Refonte de l’algorithme de discrimination PGE11, funded by EUMETSAT

• Jean Mendiboure (Maîtrise MASS, equivalent to Master 1, Université Toulouse 2) : Réseaux de neurones pour la prédiction de l’occupation des sols (co-supervised with Martin Paegelow, GEODE, Université Toulouse 2)