Students

PhD students

  • Emma Rodriguez (2025/…), PhD supervised by Christine Gaspin, MIAT, INRAE Toulouse and Julio Saez Vasquez, Université de Perpignan. I am participating to the supervision of Emma’s PhD with Benjamin Charlier, MIAT, INRAE Toulouse. This PhD is funded by PEPR AgroÉcologie et Numérique. Développement et mise en oeuvre d’approches d’apprentissage pour l’étude des modifications de l’ARN en lien avec l’adaptation au changement climatique chez Arabidopsis thaliana.

  • Élise Jorge (2023/…), PhD co-supervised with Sylvain Foissac, GenPhySE, INRAE Toulouse and Pierre Neuvial, CNRS & Institut de Mathématiques de Toulouse. This PhD is funded by INRAE. Analyse comparative de données de génomique 3D.

  • Tania Malonga (2022/…), PhD co-supervised with Martin Beaumont, GenPhySE, INRAE Toulouse (Tania is hosted at GenPhySE). This PhD is funded by the ANR project MetaboWean. Analyse de données de transcriptome à l’échelle de cellules uniques pour étudier la maturation postnatale de l’intestin.

Former PhD students

  • Camille Guilmineau (2022/2025), PhD co-supervised with Rémi Servien, LBE, INRAE Narbonne and Marie Tremblay-Franco (Camille was hosted at LBE). This PhD was funded by the ANR project PANORAMICS.
    Thesis defended on September 18th, 2025 on Développements de modèles statistiques pour l’analyse et l’intégration de données omiques longitudinales, application aux photogranules.

  • Aurélie Mercadié (2022/2025), PhD co-supervised with Céline Brouard, MIAT, INRAE Toulouse. This PhD was funded by the CIFRE program in partnership with Pierre Fabre Dermo-Cosmétique.
    Thesis defended on May 14th, 2025 on Développement d’une approche d’intégration de données multi-omiques pour expériences multi-groupes. thesis

  • Nathanaël Randriamihamison (2018/2021), PhD co-supervised with Marie Chavent, Inria, Université de Bordeaux, Pierre Neuvial, CNRS & Institut de Mathématiques de Toulouse and Sylvain Foissac, GenPhySE, INRA Toulouse. This PhD was funded by MathNum division of INRAE through the INRAE/Inria call.
    Thesis defended on October 27th, 2021 on Classification Ascendante Hiérarchique sous Contrainte de Contiguïté pour l’Analyse de Données Hi-C. thesis

  • Gaëlle Lefort (2018/2021), PhD co-supervised with Rémi Servien, LBE, INRAE Narbonne, Laurence Liaubet, GenPhySE, INRAE Toulouse and Hélène Quesnel, PEGASE, INRAE Rennes. This PhD was funded by #DigitAg (50%) and by MathNum, SA and GA divisions of INRAE.
    Thesis defended on July 2nd, 2021 on Quantification automatique de métabolites dans un spectre RMN et application à la description de la maturité périnatale chez le porc. thesis

  • Alyssa Imbert (2015/2018), PhD co-supervised with Nathalie Viguerie, I2MC, INSERM, Toulouse. This PhD was funded by Methodomics and Région Midi Pyrénées
    Thesis defended on October 19th, 2018 on Intégration de données complexes et hétérogènes à partir de tableaux de tailles différentes. thesis

  • Jérôme Mariette (2013/2017), PhD co-supervised with Christine Gaspin, Unité MIA-T, INRA de Toulouse. This PhD was made possible by the support of the MIA department, INRA.
    Thesis defended on December, 15th 2017 on Apprentissage statistique pour l’intégration de données omiques. thesis

  • Valérie Sautron (2013/2016), PhD co-supervised with Pierre Mormède and Elena Terenina, LGC, INRA de Toulouse. This PhD was funded by the ANR, project SusOStress, and Région Midi Pyrénées.
    Thesis defended on October, 27th 2016 on Biologie intégrative des réponses au stress et robustesse chez le porc. thesis

Interns

2025
2024
2023
2022
  • Léa Grima (Master 1 « Génie Mathématique et Modélisation », INSA, Toulouse) : Network inference on Bacillus subtilis expression data (co-supervised with Céline Brouard, Simon de Givry, Élise Maigné, MIAT, INRAE Toulouse and with Anne Goelzer, MaIAGE, INRAE Jouys-en-Josas)
2021
2020
2019
2018
2017
2016
2015
2014
2013
2012
2011
2010
2009
2008
2007
2005